この記事の結論

• 地方法人税は、法人税額を課税標準として計算される国税。名前に「地方」とつくが、納付先は国であり、税収は地方交付税の財源として全国に再分配される。
• 法人住民税（法人税割）や法人事業税とは別の税目であり、申告書上は法人税と合わせて計算・納付する。
• M&Aの場面では、対象企業の実効税率や過年度の申告内容を確認するときに、地方法人税を含めた税負担の全体像を見落とさないことが実務上のポイントになる。

地方法人税とは何か

地方法人税は、平成26年度税制改正で創設された税金で、法人税額（課税標準法人税額）に一定の税率を掛けて計算する国税だ。国税庁が「地方法人税の税率の改正のお知らせ」で示しているとおり、令和元年10月1日以後に開始する事業年度からは、税率が10.3%に引き上げられている。

「地方」という名前がついているため、多くの経営者が法人住民税や法人事業税と混同する。しかし性質は明確に異なる。

• 地方法人税：国税。申告・納付は法人税と合わせて税務署に対して行う。
• 法人住民税（法人税割）：地方税。都道府県・市区町村に対して申告・納付する。
• 法人事業税：地方税。事業を行う都道府県に対して申告・納付する。

地方法人税の税収は、いったん国が徴収したうえで地方交付税として全国の地方自治体に再分配される。つまり、地方公共団体に直接納めるのではなく、国を経由して地域間の財政格差を是正する仕組みに使われている、という点が制度の骨格だ。

なぜ地方法人税が作られたのか

地方法人税が創設された背景には、都市部と地方の間で法人住民税・法人事業税の税収に大きな偏りがある、という長年の課題がある。

大企業の本社が集中する都市部の自治体は法人関係税収が豊かになりやすい一方、企業が少ない地方の自治体は税収が乏しくなりやすい。この偏りを是正するため、法人住民税（法人税割）の税率を引き下げ、その引き下げた分を国税である地方法人税として徴収し、地方交付税を通じて全国に配分する、という設計に変えたのが2014年の制度改正だ。

2019年10月の税率改正でも同じ考え方が踏襲されている。消費税率10%への引き上げと同時に、法人住民税（法人税割）の税率を都道府県分・市区町村分それぞれ引き下げ、その引き下げ分に相当する税率を地方法人税に上乗せした。制度の目的は一貫して「地域間の税収格差の是正」であり、法人の実質的な税負担を増やすことを狙ったものではない。

税率の推移と計算の仕組み

地方法人税の税率は、制度創設以降、次のように改正されてきた（国税庁公表資料に基づく）。

計算の仕組み自体はシンプルで、次の式で求められる。

地方法人税額 ＝ 課税標準法人税額 × 10.3%

課税標準法人税額とは、法人税の確定申告で計算した法人税額から、一部の控除額（外国税額控除の一部など）を除いた金額を指す。したがって、地方法人税は法人税の確定申告書と同じ手続きの中で、法人税額を基礎として自動的に計算される付随的な税金、というイメージで捉えるとわかりやすい。

法人住民税・法人事業税との違いを判定表で整理する

3つの税目は名前が似ているため混同されやすい。M&Aのデューデリジェンス（DD）や日常の経理でも、「どの税金がどこに納められているか」を切り分けられるようにしておくと役立つ。

このように整理すると、「地方法人税」という名前にもかかわらず国税である点、そして計算の基礎となる金額（課税標準）がそれぞれ違う点が見えてくる。特に法人住民税と地方法人税は、どちらも法人税額を基礎に計算されるため実務上まぎらわしいが、納付先がまったく異なることを押さえておきたい。

M&Aの実務で地方法人税を確認する意味

事業承継やM&Aの検討では、対象企業の税務状況を確認する工程（税務デューデリジェンス）が必ず入る。地方法人税そのものが個別に大きな論点になることは少ないが、次の2つの視点では確認しておく価値がある。

1. 実効税率の把握

企業価値評価でフリーキャッシュフローを算出する際、税引後の利益を見積もるために「実効税率」を使う。実効税率は、法人税・地方法人税・法人住民税・法人事業税をすべて合算した実質的な税負担率であり、地方法人税もその構成要素の一つだ。対象企業がどの税率区分に該当するか（資本金の額や所得水準によって軽減税率の適用有無が変わる）を確認しないと、将来キャッシュフローの見積もりがずれる。

2. 未納・滞納の有無

税務DDでは、法人税・地方法人税を含む各税目について、申告漏れや滞納がないかを確認する。地方法人税は法人税の申告書に含めて計算されるため、法人税の申告内容に誤りがあれば地方法人税額にも影響が及ぶ。買い手企業にとっては、簿外の税務リスクとして承継後に顕在化しうる項目のため、税理士と連携した確認が欠かせない。

資本金の規模と実効税率への影響

地方法人税は「課税標準法人税額×10.3%」という一律の計算式だが、その基礎となる法人税額そのものは、対象企業の資本金の規模によって変わってくる。資本金1億円以下の中小法人には、所得のうち年800万円以下の部分について法人税の軽減税率が適用される制度があるためだ（詳細な税率は税制改正で変わるため、申告時点の最新の税率表を国税庁の案内で確認する必要がある）。

軽減税率が適用されて法人税額そのものが低く抑えられれば、それを課税標準とする地方法人税も連動して低くなる。つまり、地方法人税だけを切り離して考えるのではなく、「法人税額がどう計算されているか」という土台から確認しないと、対象企業の実効税率を正しく見積もることはできない。M&Aの企業価値評価でフリーキャッシュフローを税引後ベースで計算するときは、この土台の部分まで税理士とすり合わせておきたい。

税務デューデリジェンスで確認するチェックリスト

事業承継・M&Aで対象企業の税務状況を確認する際、地方法人税を含めて次の点をチェックしておくと漏れが少ない。

• [ ] 過去3〜5期分の法人税・地方法人税の申告書一式が揃っているか
• [ ] 申告書上の課税標準法人税額と、実際に納付された地方法人税額が一致しているか
• [ ] 税務調査による更正・修正申告の履歴がないか（あれば地方法人税額にも影響する）
• [ ] 軽減税率の適用要件（資本金1億円以下など）を対象企業が満たし続けているか
• [ ] 繰越欠損金の有無と、M&Aのスキーム（株式譲渡・合併等）による引き継ぎ可否
• [ ] 未納・滞納の有無（納税証明書での確認）

これらはいずれも、買収後に想定外の税務コストが発覚する事態を避けるための基本項目だ。地方法人税単体の金額は法人税額に対する一定割合にすぎないが、申告の正確性という意味では法人税と一体で確認する対象になる。

よくある質問

Q. 地方法人税は誰が納める税金か。
A. 法人税の納税義務がある法人（普通法人・協同組合等）が対象。個人事業主には地方法人税の申告義務はない。

Q. 地方法人税が創設されたことで、法人の税負担は増えたのか。
A. 制度創設・改正のたびに法人住民税（法人税割）の税率が引き下げられており、改正時点では税負担の総額を大きく変えない設計になっている。ただし各企業の実際の税負担は、適用される軽減税率や税額控除の状況によって変動するため、一律に「変わらない」とは言い切れない。

Q. M&Aで会社分割・合併を行う場合、地方法人税の申告はどうなるか。
A. 組織再編のスキームや事業年度の区切り方によって、みなし事業年度の申告が必要になるケースがある。個別の判断は税理士・公認会計士に確認するのが確実だ。

実務でよくある誤解

• 「地方法人税だから地元の自治体に納める」という誤解：実際は国税であり、納付先は税務署。
• 「地方法人税が増えると法人の税負担も増える」という誤解：制度改正は法人住民税の引き下げとセットで行われており、改正時点では法人全体の税負担を大きく変える設計にはなっていない。ただし、その後の税率改正や軽減措置の適用状況によって実際の負担は変わりうるため、最新の税率は都度確認する必要がある。
• 「地方法人税と法人事業税は同じもの」という誤解：課税標準（法人税額 vs 所得金額等）も納付先（国 vs 都道府県）も異なる別の税目。

まとめ

地方法人税は、名前から地方税と誤解されやすいが、実態は法人税額を課税標準とする国税であり、地方交付税の財源として全国に再分配される仕組みだ。法人住民税・法人事業税とは課税主体も計算根拠も異なるため、判定表で整理して混同を避けたい。

M&Aや事業承継の場面では、地方法人税単体が論点になることは少ないものの、実効税率の見積もりや税務デューデリジェンスの一部として、法人税・地方法人税を含めた税負担の全体像を確認する視点は持っておきたい。

参考・一次情報

• 国税庁「地方法人税の税率の改正のお知らせ」 https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hojin/chihou_hojin/01.htm
• 中小企業庁「経営承継・引継ぎ支援」 https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/shoukei/