M&Aで自分の会社の株式を売ったオーナーは、売った年の翌年2月16日から3月15日までに確定申告をします。非上場株式は証券会社の特定口座を通らないので、源泉徴収も年間取引報告書もありません。税額の計算から申告まで、すべて自分で行う必要があります。
書く書類は3つで、順番が決まっています。「株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書」で譲渡所得を計算し、その数字を確定申告書の第三表（分離課税用）に移し、最後に第一表で税額をまとめます。
この記事では、申告が必要になる人と期限、税額の計算例、取得費と譲渡費用に入れられるもの、3つの書類を書く順番、そして申告の後に来る住民税・社会保険料への影響までを整理します。計算明細書の欄ごとの書き方は「株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書の書き方」で詳しく扱っています。
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株式譲渡益の確定申告が必要になる人と申告期限
会社（非上場株式）を売って譲渡益が出た個人の株主は、確定申告が必要です。給与所得者で年末調整を受けていても、非上場株式の譲渡益は年末調整の対象外なので、申告が要ります。
| 状況 | 確定申告 | 理由 |
|---|---|---|
| 非上場株式を売って譲渡益が出た | 必要 | 源泉徴収がなく、申告分離課税で自分で計算する |
| 非上場株式を売って譲渡損が出た | 原則として不要（損失は同じ年の一般株式等の譲渡益とだけ通算できる） | 上場株式等の譲渡益や給与とは通算できない |
| 上場株式を特定口座（源泉徴収あり）で売っただけ | 不要（申告を選ぶこともできる） | 証券会社が源泉徴収している |
| 発行会社（自分の会社）に株式を買い取らせた | 必要。一部がみなし配当になる | 株式の譲渡所得と配当所得に分かれる |
申告期限は、売った年の翌年の3月15日（土日祝日なら翌日）です。納付の期限も同じ日です。1億円の株式を売ると税額は千万円単位になるので、売却代金を受け取った時点で、翌年3月の納税分を別に分けておくのが安全です。
売却代金を分割で受け取る契約（アーンアウトなど）では、どの年の収入として申告するかが契約の内容で変わります。契約書を税理士に見せて、申告する年を先に確かめてください。
株式譲渡益にかかる税金の計算（20.315%の計算例）
非上場株式の譲渡所得は、ほかの所得と分けて課税する申告分離課税です。税率は次のとおりです。
| 税目 | 税率 |
|---|---|
| 所得税 | 15% |
| 復興特別所得税（所得税の2.1%） | 0.315% |
| 住民税 | 5% |
| 合計 | 20.315% |
譲渡所得は「売った金額 − 取得費 − 譲渡費用」で計算します。
計算例：会社を1億円で売ったオーナーの場合
設立時に300万円を出資して作った会社の株式を全部、1億円で売った例です。仲介の手数料として440万円（消費税込み）を払いました。
| 項目 | 金額 |
|---|---|
| 売った金額（譲渡価額） | 1億円 |
| 実際の取得費（設立時の出資額） | 300万円 |
| 概算取得費（譲渡価額の5%） | 500万円 |
| 使う取得費（大きい方） | 500万円 |
| 譲渡費用（仲介手数料） | 440万円 |
| 譲渡所得 | 9,060万円 |
| 所得税・復興特別所得税（15.315%） | 1,387万5,300円 |
| 住民税（5%・翌年に課税） | 453万円 |
| 税金の合計 | 1,840万5,300円 |
| 手取り（1億円 − 手数料 − 税金） | 7,719万4,700円 |
この例のポイントは取得費です。実際の取得費（300万円）が譲渡価額の5%（500万円）より少ないので、5%の概算取得費を使った方が譲渡所得は小さくなります。設立から長く経った会社では、出資額が売却額に比べて小さいため、概算取得費を使う場面が多くなります。
住民税は確定申告の内容をもとに市区町村が計算し、翌年6月ごろから納めます。所得税を3月に払い終えても、住民税の453万円が後から来ることを忘れないでください。
取得費と譲渡費用に入れられるもの
取得費と譲渡費用は、差し引ける額が大きいほど税金が減ります。何を入れてよいかを整理します。
| 区分 | 入れられるもの | 入れられないもの |
|---|---|---|
| 取得費 | 設立時・増資時の払込金額、株式を買ったときの代金と手数料、相続・贈与で取得した株式は元の所有者の取得費を引き継ぐ | 会社への貸付金、役員報酬として受け取らなかった分 |
| 取得費（概算） | 実際の額が分からないとき、または譲渡価額の5%を下回るときは、譲渡価額の5% | ― |
| 譲渡費用 | 仲介・助言の手数料、株式を売るために直接かかった費用（契約書の印紙代など） | 会社が払ったデューデリジェンス費用、売却後の生活費、借入金の利子 |
取得費は、同じ銘柄を何回かに分けて取得した場合、全体を平均して1株あたりの額を出します。増資を何度もしている会社では、払込の記録（登記簿や株主名簿、振込の控え）を売却前に集めておくと、取得費の根拠を示せます。
譲渡費用として認められるのは、株式を売るために売り手本人が負担した費用です。会社の経費として払ったものは、個人の譲渡費用にはなりません。仲介会社との契約が会社名義になっていないかも確認します。
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確定申告書の第一表・第三表・計算明細書を書く順番
書く順番は、様式の番号とは逆です。計算明細書 → 第三表 → 第一表の順に、下の書類で計算した数字を上の書類へ移していきます。
| 順番 | 書類 | ここで行うこと |
|---|---|---|
| 1 | 株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書 | 売った株式の銘柄・株数・譲渡価額・取得費・譲渡費用を書き、「一般株式等」の列で譲渡所得を出す |
| 2 | 確定申告書 第三表（分離課税用） | 明細書の収入金額と所得金額を「一般株式等の譲渡」の欄に移し、分離課税の税額を計算する |
| 3 | 確定申告書 第一表 | 給与などの総合課税の所得、所得控除を書き、第三表で計算した税額と合わせて納める税額を出す |
| 4 | 第二表 | 所得の内訳、住民税に関する事項などを書く |
いちばん多い間違いは、非上場株式を「上場株式等」の列に書いてしまうことです。非上場株式は「一般株式等」に区分されます。列を取り違えると、以降の数字がすべて別の区分に流れます。
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で「株式等の譲渡所得」の画面から入力すると、明細書・第三表・第一表が連動して作られます。手書きでなくこちらを使う方が、転記の誤りは起きにくくなります。
手元にそろえておく資料
- 株式譲渡契約書（譲渡日・譲渡価額が分かるもの）
- 取得費の根拠（出資の払込記録、株式を買ったときの契約書）
- 仲介手数料などの請求書と領収書
- 給与の源泉徴収票など、ほかの所得の資料
- マイナンバーカード（e-Taxで出す場合）
株式譲渡益が翌年の住民税・社会保険料に与える影響
株式の譲渡益は、確定申告で税金を納めて終わりではありません。翌年の住民税・社会保険料・各種の控除の判定に影響します。
| 影響を受けるもの | 何が起きるか |
|---|---|
| 住民税 | 譲渡所得の5%が翌年度の住民税に加わる |
| 国民健康保険料・後期高齢者医療保険料 | 保険料の所得割は前年の所得で計算され、株式の譲渡所得も含まれる。売却後に会社を辞めて国民健康保険に入ると、翌年度の保険料が賦課限度額まで上がることが多い |
| 配偶者控除・配偶者特別控除 | 本人の合計所得金額が1,000万円を超えると受けられない。配偶者も株式を売った場合は、配偶者の所得が増えて本人が控除を受けられなくなる |
| 住宅ローン控除など所得要件のある制度 | 売った年は合計所得金額が要件を超え、その年分は使えないことがある |
| 予定納税 | 前年分の譲渡所得は予定納税の基準額の計算から除かれるので、株式の譲渡益だけが理由で翌年に予定納税が来ることはない |
特に国民健康保険料は、会社の社会保険から外れた直後の年に重なるため、想定外の出費になりがちです。売却した年の翌年度は、国民健康保険料が上限に近い額になる前提で資金を残しておくと慌てずに済みます。
高額な売却で注意する極めて高い水準の所得への課税
令和7年分から、極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置が始まっています。株式の譲渡所得を含めた1年間の基準所得金額が3億3,000万円を超える場合、その超える部分に22.5%をかけた額が、通常の計算による基準所得税額を上回るときは、差額を追加で納めます。
株式の譲渡所得だけで考えると、計算上は、譲渡所得がおおむね10億円前後を超えたあたりから追加の税額が出始めます。数億円規模の売却では、多くの場合この措置で税額は増えませんが、判定そのものは申告のたびに必要です。
この措置は、令和9年分以後について見直しが予定されており、売却する年によって結果が変わります。売却額が大きい場合は、売却の時期を決める前に、国税庁の最新の案内と税理士の試算で確かめてください。
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確定申告前のチェックリスト
- [ ] 株式譲渡契約書で、譲渡日と譲渡価額を確認した
- [ ] 取得費の根拠をそろえ、実際の額と概算（譲渡価額の5%）の大きい方を選んだ
- [ ] 仲介手数料など、本人が負担した譲渡費用の領収書をそろえた
- [ ] 非上場株式を「一般株式等」の列に書いた
- [ ] 発行会社への売却が含まれるなら、みなし配当の部分を分けた
- [ ] 納税資金（所得税・復興特別所得税）と、翌年の住民税・国民健康保険料の資金を分けて残した
- [ ] 基準所得金額が3億3,000万円を超える場合、極めて高い水準の所得への措置の判定をした
- [ ] 申告期限（翌年3月15日）と納付期限を予定に入れた
よくある質問
Q. 会社を売った年に給与もありました。申告はまとめてですか。
はい。1つの確定申告書で、給与は第一表（総合課税）、株式の譲渡所得は第三表（分離課税）に分けて書きます。源泉徴収票の数字も第一表に入れ、源泉徴収された所得税は精算されます。
Q. 株式を売った年の途中で役員退職金も受け取りました。
退職所得は、会社に「退職所得の受給に関する申告書」を出していれば源泉徴収で課税が終わり、確定申告に含めなくてよいのが原則です。株式の譲渡所得とは別に計算します。
Q. 期限を過ぎてしまったらどうなりますか。
期限後申告となり、無申告加算税と延滞税がかかることがあります。税額が大きいほど負担も大きくなるので、期限に間に合わない見込みなら、早めに税務署か税理士へ相談してください。
まとめ
会社を売った翌年の確定申告は、計算明細書で譲渡所得を出し、第三表、第一表の順に数字を移す作業です。
税率は20.315%。取得費は実際の額と譲渡価額の5%の大きい方を使い、本人が負担した仲介手数料は譲渡費用として引ける。住民税と国民健康保険料は翌年に後から来る。
売却代金を受け取った時点で、翌年3月の納税分と、その後の住民税・保険料の分を分けておいてください。売却前に手取りを試算したい方は「株式譲渡の税金」をあわせてご覧ください。
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参考
- 国税庁 タックスアンサー No.1463「株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1463.htm
- 国税庁 タックスアンサー No.1464「譲渡した株式等の取得費」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1464.htm
- 国税庁 タックスアンサー No.2040「予定納税」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2040.htm
- 国税庁「極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置 適用判定フローチャート」https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/annai/gengaku/02.pdf
- 国税庁「確定申告書等作成コーナー」https://www.keisan.nta.go.jp/
この記事は、時点の情報を元に作成しています。
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