会社を売ったときにいくら残るかは、譲渡価格ではなく手取りで決まる。そして手取りを左右するのは、誰が株を持っていたかである。

個人株主と法人株主では、税率も計算方法もまったく違う。同じ1億円で売っても、残る額が変わる。

個人株主の場合

譲渡所得として、申告分離課税になる。給与や事業所得とは合算されない。

税率は20.315%

累進課税ではないため、譲渡益がいくら大きくなっても税率は変わらない。これが個人株主にとっての大きな利点になる。

計算式

譲渡所得 ＝ 譲渡価格 －（取得費 ＋ 譲渡費用）
税額 ＝ 譲渡所得 × 20.315%

• 取得費 —— 株式を取得したときの払込金額や購入代金
• 譲渡費用 —— 仲介手数料、印紙代など、譲渡のために直接かかった費用

取得費が分からないとき

創業から数十年経っていて、当時の払込金額の記録が無いことは珍しくない。この場合、譲渡価格の5%を取得費とみなすことができる（概算取得費）。

ただし、実際の取得費が5%より大きいなら不利になる。設立時の定款、払込証明、増資の記録が残っていないか、先に探す。探す手間より、税額の差のほうが大きいことが多い。

3億円で売った場合の手取りを計算する

前提を置いて実際に計算します。

• 譲渡価額 3億円
• 取得費（実額） 1,000万円
• 譲渡費用（仲介手数料など） 2,000万円
• 売り手は個人株主1名

実額の取得費で計算した場合

税額の内訳は、所得税4,050万円、復興特別所得税85万500円、住民税1,350万円です。

概算取得費5%で計算した場合

取得費が分からないとき、譲渡による収入金額の5%を取得価額として計算する扱いがあります。このケースでは3億円の5%で1,500万円となり、実額の1,000万円より500万円大きくなります。

差は1,015,750円です。取得費の差500万円に20.315%を掛けた金額と一致します。

ここが実務で迷うところです。国税庁のタックスアンサーは「取得費が分からない場合には5%相当額とすることも認められます」と書いています。一方、租税特別措置法関係通達37の10・37の11共-13は「5%に相当する金額を取得価額として計算しているときは、これを認めて差し支えない」という書き方で、取得費が判明しているケースを明示的に排除してはいません。

実額の資料が見つかったうえで、それでも5%を使えるかどうかは解釈が分かれる論点です。自己判断で有利なほうを選ばず、申告方針を税理士に確認してください。少なくとも言えるのは、実額が売却価額の5%を大きく上回る会社（増資を重ねてきた会社など）では、資料を探すほうが確実に得だということです。設立時の定款、払込金保管証明、増資の議事録、名義書換の記録を先に当たります。

法人株主の場合

譲渡益は益金に算入され、その事業年度の他の損益と合算される。分離課税ではない。

その期に赤字があれば、譲渡益と相殺できるのが法人株主の利点になる。逆に黒字の期に売ると、税率は個人より高くなりやすい。

持株会社を挟んでいる場合は、株を持っているのが法人になる。誰が株主かを、株主名簿で確認してから試算する。

事業譲渡と比べるとどう違うか

「会社ごと売る（株式譲渡）」と「事業だけ売る（事業譲渡）」では、課税される主体が変わる。

個人オーナーが手取りを最大にしたいなら、株式譲渡のほうが有利になることが多い。事業譲渡は会社に代金が入るため、そこから個人へ移す段階でもう一度課税される。

ただし買い手の事情で事業譲渡になることがある。簿外債務のリスクを避けたい買い手は、事業譲渡を選びたがる。手取りの差を把握したうえで交渉する。

株式譲渡・事業譲渡・そもそも売らない、の判定表

同じ会社を手放すのでも、株式を売るか事業を売るかで税金の付き方が変わります。列は「どういう条件のときにそれを選ぶか」で並べます。

株式譲渡は会社ごと移るため、代金は株主に入り、そのまま20.315%で完結します。事業譲渡は会社に代金が入るので、そこから個人へ移す段階で配当や役員退職金として課税がもう一度発生します。個人オーナーの手取りだけで見れば株式譲渡が有利になりやすい構造です。

一方で買い手は、事業譲渡ならのれん相当額を資産調整勘定として5年で損金に落とせます。この差が価格交渉に出るため、「売り手に有利だから株式譲渡で押し切る」という進め方にはなりません。両方で試算して、価格差と税差を並べて交渉します。

株式譲渡と事業譲渡の手続き面の違いは、株式譲渡と事業譲渡の違いで整理しています。

役員退職金と組み合わせると手取りが変わる

譲渡代金の一部を役員退職金として受け取る設計がある。退職所得は課税上の扱いが有利なためである。

• 退職所得控除がある（勤続年数に応じて）
• 控除後の金額を2分の1にしてから課税される
• 他の所得と分離して課税される

株式譲渡の20.315%より、退職所得のほうが実効税率が低くなる場面がある。とくに勤続年数が長い場合に差が出る。

不相当に高額な部分は、法人側で損金に算入できない。役員退職金には、勤続年数・最終報酬月額・功績倍率から算定する目安がある。税務上否認されると、想定した効果が消える。

役員退職金の支給には株主総会の決議が要る。クロージングまでに手続きを済ませる。

発行会社に売るとみなし配当になる

第三者ではなく、自社（発行会社）に株式を買い取ってもらう場合、税金の付き方が根本的に変わります。

利益剰余金を厚く積んだ会社ほど、資本金等の額を超える部分が大きくなり、みなし配当が膨らみます。相続で取得した非上場株式を発行会社に譲渡する場合には、相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに譲渡すればみなし配当課税を行わず全額を譲渡所得とする特例がありますが、通常のM&Aでの売却には使えません。

「少数株主の株を会社で買い取ってから売る」という段取りを取るとき、買い取られた側にみなし配当が発生します。誰にいくらの税負担が出るかを、集約の設計時点で確認してください。

手取りを試算するときの順番

1. 株主名簿を確認する —— 誰が何株持っているか。名義株があると、そもそも誰の所得か決まらない
2. 取得費の資料を探す —— 設立時の払込、増資、買い取りの記録
3. 株式譲渡か事業譲渡かを仮置きする —— 買い手の意向で変わるので、両方で試算する
4. 役員退職金の組み合わせを検討する —— 勤続年数と報酬水準から、いくらまでが妥当かを見る
5. 税理士に試算してもらう —— 契約を結ぶ前に。署名後では設計を変えられない

「いくらで売れるか」より先に「いくら残るか」を見る。譲渡価格が同じでも、設計次第で手取りは変わる。

よくある質問

譲渡損が出たら他の所得と相殺できますか。

個人株主の場合、給与所得や事業所得とは相殺できない。上場株式等・一般株式等それぞれの区分のなかでの通算になる。非上場株式の譲渡損は、繰越控除もできない点に注意する。

申告はいつしますか。

譲渡した年の翌年、確定申告の期間（原則2月16日〜3月15日）に行う。源泉徴収で完結する仕組みは無いので、自分で申告する。

分割払いの場合はいつ課税されますか。

原則として、譲渡した年に全額が課税対象になる。代金の受け取りが翌年以降でも、譲渡の効力が生じた年の所得になる。手元に現金が無い状態で納税が発生しうるので、資金繰りを確認しておく。

事業承継税制は使えますか。

親族内承継など、贈与・相続で株式を移す場合の制度である。第三者への有償譲渡には使えない。「誰に、有償か無償か」で使える制度が変わる。

まとめ

• 個人株主は申告分離課税で一律20.315%。譲渡益が大きくても税率は変わらない
• 法人株主は他の所得と合算。赤字と相殺できる利点がある一方、黒字の期は税率が高くなりやすい
• 取得費が不明なら概算取得費（譲渡価格の5%）が使えるが、実額のほうが大きいなら不利。先に資料を探す
• 株式譲渡と事業譲渡では課税される主体が違う。個人オーナーの手取りは株式譲渡のほうが有利になりやすい
• 役員退職金との組み合わせで手取りが動く。ただし不相当に高額な部分は損金にならない
• 契約を結ぶ前に試算する。署名後では設計を変えられない

参考

• 株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）｜国税庁
• 退職金と税｜国税庁
• 事業承継・M&A支援｜中小企業庁