インボイス制度では、免税事業者などインボイスを発行できない相手からの仕入れは、原則として仕入税額控除ができない。ただし制度開始から一定期間は、仕入税額相当額の一部を控除できる経過措置がある。
この経過措置が、2026年（令和8年）10月1日に80％から70％へ下がる。令和8年度税制改正で、段階の刻み方と期限、そして控除できる金額の上限も見直された。
本稿は、免税事業者と取引を続ける買い手側の実務に絞って整理する。税務は一般論であり、個別の判断は税理士など専門家に確認してほしい。
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控除できる割合の段階表
国税庁のインボイスQ&A（問113）によると、経過措置を適用できる期間と割合は次のとおりである。
| 課税仕入れを行った期間 | 控除できる割合 |
|---|---|
| 2023年10月1日〜2026年9月30日（令和5年10月〜令和8年9月） | 仕入税額相当額の80％ |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日（令和8年10月〜令和10年9月） | 仕入税額相当額の70％ |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日（令和10年10月〜令和12年9月） | 仕入税額相当額の50％ |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日（令和12年10月〜令和13年9月） | 仕入税額相当額の30％ |
| 2031年10月1日以後（令和13年10月以後） | 控除不可 |
改正前は、2026年10月から3年間50％とし、2029年10月以後は控除不可とする予定だった。令和8年度改正で適用期限を2年延ばし、70％・50％・30％の3段階に刻み直した形である（国税庁リーフレット「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」）。
割合は「仕入れの日」で決まる
どの割合を使うかは、課税仕入れを行った時期で判断する（Q&A問113-3）。
- 商品の仕入れは、原則として引渡しを受けた日
- 役務の提供は、原則として約束した役務の全部が完了した日
たとえば9月21日に始まり10月20日に完了した業務委託は、完了日が10月なので70％になる。商品なら、9月30日までに引渡しを受けた分が80％、10月1日以後の分が70％である。月をまたぐ継続取引は、請求書の締め日ではなく引渡しや完了の日で区分する必要がある。
1億円の上限は「課税期間の開始日」から適用される
割合とは別に、控除の対象になる金額にも上限がある。一の免税事業者等からの課税仕入れの合計額（税込み）が、その年または事業年度で上限を超える場合、超えた部分は経過措置の対象外になる。
| 課税期間 | 上限（一の相手先ごと・税込み） |
|---|---|
| 2024年10月1日〜2026年9月30日の間に開始する課税期間 | 10億円 |
| 2026年10月1日以後に開始する課税期間 | 1億円 |
ここで注意したいのは、割合の切替えと上限の切替えで基準日が違う点である。上限の1億円は、2026年10月1日以後に開始する課税期間から適用される。
- 12月決算法人・個人事業者：2027年1月1日に始まる課税期間から1億円
- 3月決算法人：2027年4月1日に始まる課税期間から1億円（2027年3月期は10億円のまま）
一方、控除割合の70％は、決算月にかかわらず2026年10月1日以後の仕入れから適用される。
影響額の計算例
架空の数値で、免税事業者の外注先に年間1,100万円（税込み相当）を支払う会社を考える。消費税相当額は地方消費税を含めて概算で100万円（1,100万円×10/110）とする。
| 仕入れの時期 | 控除できる額 | 控除できない額 |
|---|---|---|
| インボイス発行事業者から仕入れた場合 | 100万円 | 0円 |
| 80％期間（〜2026年9月） | 80万円 | 20万円 |
| 70％期間（2026年10月〜） | 70万円 | 30万円 |
| 50％期間（2028年10月〜） | 50万円 | 50万円 |
| 30％期間（2030年10月〜） | 30万円 | 70万円 |
| 2031年10月以後 | 0円 | 100万円 |
控除できない額は、そのまま納める消費税が増える額になる。この例では、70％への切替えで年10万円の負担増である。
1億円上限にかかる場合
同じ免税事業者から年間1億5,000万円（税込み）を仕入れる会社が、1億円上限の適用後に70％期間の仕入れをした場合で考える。
- 経過措置の対象：1億円まで → 1億円×10/110×70％ ≒ 636万円
- 1億円を超える5,000万円部分：経過措置の対象外で控除0円
特定の個人事業者に大口の外注や仕入れを集中させている会社ほど、この上限の影響が大きい。
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経過措置を使うための帳簿と請求書
経過措置は、要件を満たす帳簿と請求書等を保存して初めて使える（Q&A問113）。
帳簿には、通常の記載事項に加えて、経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨を書く。
- 相手方の氏名または名称
- 課税仕入れを行った年月日
- 資産または役務の内容と、経過措置の適用を受ける旨
- 支払対価の額
「経過措置の適用を受ける旨」は、取引ごとに「免税事業者からの仕入れ」などと書く方法のほか、「※」などの記号を付けて別途「※は経過措置の対象」と表示する方法も認められている。2026年10月以後は、会計ソフトの税区分が80％のままになっていないかも確認しておきたい。
請求書等は、区分記載請求書と同様の事項（作成者の名称、取引年月日、内容、税率ごとの税込合計額、受領者の名称）が必要である。軽減税率対象である旨や税率ごとの合計額が抜けている場合に限り、受け取った側が追記して保存できる。
価格交渉で問題になる行為
控除できない分を取引価格に反映したいと考えるのは自然だが、進め方には制約がある。財務省・公正取引委員会・経済産業省・中小企業庁・国土交通省の「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」（2026年1月30日改正）は、次の考え方を示している。
| 行為 | 問題になる可能性 |
|---|---|
| 仕入先の消費税負担も考慮し、双方納得のうえで価格を再設定する | 結果的に引き下げになっても独占禁止法上は問題とならない |
| 形式的な協議だけで、仕入先が支払った消費税も払えない著しく低い価格を設定する | 優越的地位の濫用 |
| 取適法の対象取引で、発注時に決めた代金を免税事業者であることを理由に減額する | 取適法が禁じる代金の減額 |
| 課税事業者になるよう求めて応じた仕入先について、明示的に協議せず価格を据え置く | 優越的地位の濫用または取適法上の買いたたきのおそれ |
| 仕入先から協議を求められたのに応じず、一方的に価格を据え置く | 取適法上の協議に応じない一方的な代金決定のおそれ |
| 価格据置きの代わりに協賛金や無償の役務提供を求める | 優越的地位の濫用 |
取適法（製造委託等に係る中小受託事業者に対する代金の支払の遅延等の防止に関する法律）の対象となる取引では、仕入先が免税事業者であることは「仕入先の責めに帰すべき理由」には当たらないとされている。値下げを求めるなら、控除できなくなる額の根拠を示して協議し、その経緯を記録に残すのが基本である。
事業譲渡で免税事業者の事業を引き継ぐとき
個人事業主から事業を買う、小規模な事業を丸ごと譲り受けるといったM&Aでは、売り手が免税事業者であることが少なくない。論点は次の3つである。
1. 譲受対価そのものが経過措置の対象になる
事業譲渡では、建物・設備・在庫・のれんなどの課税資産に消費税相当額が含まれる。売り手が免税事業者ならインボイスは交付されないため、買い手の仕入税額控除は経過措置の割合までに限られる。
さらに1億円上限の適用後は、一の免税事業者からの課税仕入れが年1億円（税込み）を超える部分は対象外になる。課税資産部分が1億円を超える事業譲渡では、控除できない額が一気に大きくなる。
課税資産と非課税資産（土地・売掛金など）の区分や、のれんが課税対象になる点は、関連記事「事業譲渡の消費税」で詳しく扱っている。
2. 引渡日で割合が変わる
資産の譲受けの時期は原則として引渡しの日である。クロージングが9月30日か10月1日かで80％と70％が分かれるように、2028年10月、2030年10月の前後にクロージングを設定する場合も同じ問題が起きる。価格とあわせて、クロージング日と消費税相当額の負担を契約書で明確にしておく。
3. 引き継いだ取引先の構成を確認する
譲り受けた事業の外注先・仕入先に免税事業者が多い場合、統合後の自社の控除額が減る。デュー・ディリジェンスで「インボイス登録の有無別の仕入額」を洗い出し、今後の段階的な割合低下を事業計画に織り込んでおきたい。
なお、株式譲渡で会社ごと引き継ぐ場合は、対象会社そのものの登録状況は変わらない。対象会社が免税事業者のままなら、その顧客側で同じ控除制限が生じる点に注意する。
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よくある質問
Q1. 2割特例も同じ2026年9月で終わるのか
2割特例は、2026年9月30日の属する課税期間で終わる。こちらはインボイス発行事業者になった売り手側の特例で、買い手の経過措置とは別の制度である。終了後の選択肢は関連記事「2割特例はいつまで」で整理している。
Q2. 相手がインボイス登録をしたかどうかはどう確認するか
国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで登録番号を検索できる。取引開始時だけでなく、登録の取消しもあり得るので定期的に確認する。
Q3. 登録番号のない請求書が含まれている場合はどうなるか
登録番号の記載がなく、区分記載請求書等の記載事項を満たすものは、相手が実際に登録事業者であっても経過措置の扱いになる（Q&A問113-2）。全額控除するには、登録番号入りのインボイスを受け取る必要がある。
まとめ
- 免税事業者等からの仕入れの控除割合は、2026年10月1日から70％、2028年10月から50％、2030年10月から30％、2031年10月以後は控除不可である
- 割合は仕入れの日で決まり、商品は引渡日、役務は完了日で判定する
- 一の相手先からの仕入れの上限は、2026年10月1日以後に開始する課税期間から税込み1億円に下がる
- 帳簿に経過措置の適用を受ける旨を記載し、会計ソフトの税区分を見直す
- 価格交渉は根拠を示した協議が前提で、一方的な据置きや減額は独占禁止法・取適法上の問題になり得る
- 免税事業者の事業を譲り受けるときは、1億円上限とクロージング日を価格交渉に織り込む
参考
- 国税庁「令和8年度税制改正特集（インボイス関係）」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice-review/index.htm
- 国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice-review/pdf/0026004-099-01-1.pdf
- 国税庁 インボイスQ&A 問113（免税事業者等からの仕入れに係る経過措置） https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/113.pdf
- 国税庁 インボイスQ&A 第5章 経過措置（問113-2〜問117-3） https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/01-15.pdf
- 財務省・公正取引委員会・経済産業省・中小企業庁・国土交通省「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」 https://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/consumption/20260130menzeiqa_1.pdf
- 公正取引委員会「インボイス制度関連コーナー」 https://www.jftc.go.jp/invoice/
この記事は、時点の情報を元に作成しています。
ジョブカンM&A ジョブカンM&A編集部
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