分離課税は、他の所得と合算せずに、その所得だけで税額を計算する方式です。用語としては地味ですが、会社を譲るオーナー経営者にとっては、手取りが数千万円単位で変わる仕組みです。

同じ1億円を受け取るのでも、分離課税なら約2,032万円の税、総合課税なら5,500万円超。この差がどこから来るのかを整理します。

分離課税とは

日本の所得税は総合課税が原則です。給与所得・事業所得・不動産所得などを合算し、その合計額に累進税率（5〜45%）をかけます。

分離課税は、この原則から外れて、特定の所得だけを切り離して課税する方式です。合算しないので、他の所得がいくらあっても税率が変わりません。

分離課税には2種類あります。

総合課税との違い — 表で比べる

🔴 「他の所得の影響を受けない」が最大の違いです。役員報酬を年5,000万円取っている経営者でも、株式の譲渡益にかかる税率は変わりません。

🔴 株式等の譲渡所得は20.315%

経営者にとって最重要なのがここです。

国税庁の株式等を譲渡したときの課税によると、上場・非上場を問わず、株式等を譲渡したときの所得は申告分離課税の対象です。

税率の内訳

計算式

譲渡所得 = 譲渡価額 −（取得費 + 譲渡費用）
税額     = 譲渡所得 × 20.315%

取得費は、その株式を取得するのに要した金額です。創業時に出資した資本金がそのまま取得費になることが多く、多くの中小企業では極めて小さい額になります。

例）資本金300万円で創業、1億円で売却（譲渡費用500万円）
  譲渡所得 = 1億円 −（300万円 + 500万円）= 9,200万円
  税額     = 9,200万円 × 20.315% = 約1,869万円
  手取り   = 1億円 − 500万円 − 1,869万円 = 約7,631万円

⚠️ 取得費が不明な場合、譲渡価額の5%を取得費とすることができます。古い株式で資料が残っていない場合に使われますが、実際の取得費のほうが大きいなら、資料を探すほうが有利です。

総合課税だったらどうなるか

同じ9,200万円が総合課税だった場合を並べます。

差はおよそ3,274万円。これが、M&Aで株式譲渡という方式が選ばれる大きな理由の一つです。

事業譲渡と比べると

株式譲渡は「株主が株を売る」、事業譲渡は「会社が事業を売る」。課税される主体が違います。

🔴 税率だけで方式を決めないでください。買い手にとっては事業譲渡のほうがリスクを限定できるため、「株式譲渡にしたい売り手」と「事業譲渡にしたい買い手」で交渉になるのが実務の常です。

判断の境界線

順位はつけません。条件で分かれます。

株式譲渡が向いている

• オーナーが引退し、会社ごと譲る
• 許認可・賃貸借契約・従業員の雇用をそのまま引き継いでほしい
• 簿外債務や係争が無い、あるいは説明できる
• 買い手が「会社ごと」を望んでいる

事業譲渡が向いている

• 一部の事業だけを譲りたい（本業は続ける）
• 会社に買い手が引き継ぎたくない資産・負債がある
• 買い手がリスクを限定したがっている
• 法人としては存続させたい（不動産の保有など）

そもそも今は決めないほうがいい

• 後継者・買い手が決まっていない — 方式は相手が決まってから設計する
• 決算書に説明できない項目がある — デューデリジェンスで必ず出る。先に整理する
• 直近の業績が一時的に落ちている — 株価算定に影響する
• 提案された節税策の理屈が自分で説明できない — 分からないまま実行しない

損益通算の注意点

分離課税は損益通算の範囲も限定されます。

• 上場株式等の譲渡損失は、上場株式等の譲渡所得や、申告分離課税を選択した配当所得と通算できます。控除しきれない損失は翌年以後3年間の繰越控除が可能です
• 🔴 一般株式等（非上場株式）の譲渡損失は、上場株式等の所得とは通算できません。別区分として扱われます
• 株式の譲渡損失を給与所得や事業所得と通算することはできません

⚠️ 通算・繰越の要件は細かく、確定申告を継続して行うことが条件になるものがあります。損失が出た年こそ申告してください。

よくある質問

Q. 非上場株式でも20.315%ですか？

はい。上場・非上場を問わず、株式等の譲渡所得は申告分離課税で20.315%です。ただし同族株主が発行会社へ譲渡する場合など、みなし配当として総合課税の対象になる部分が生じるケースがあります。自己株式の取得を伴う場合は必ず税理士に確認してください。

Q. 取得費が分かりません。

譲渡価額の5%を取得費とすることができます。ただし実際の取得費のほうが大きい場合は損なので、設立時の定款・出資の記録・過去の増資の資料を先に探してください。

Q. 源泉分離課税と申告分離課税の違いは？

源泉分離課税は、支払時に源泉徴収されて課税関係が完結します（申告不要）。申告分離課税は、確定申告で他の所得と分けて計算します。株式の譲渡所得は申告分離課税です（特定口座・源泉徴収ありを選択している場合は申告不要にできます）。

Q. 役員退職金は分離課税ですか？

退職所得は他の所得と分離して課税されますが、税率は累進です。ただし退職所得控除を引いたうえで1/2にしてから課税されるため、負担は軽くなります。株式等の譲渡所得のような固定税率ではありません。

Q. M&Aの対価を株式譲渡と退職金に分けるのは有効ですか？

実務ではよく使われる設計です。ただし役員退職金には「不相当に高額な部分は損金にならない」という制約があり、買い手側の税務にも影響します。配分は税理士とFAを交えて設計してください。

まとめ

• 分離課税は他の所得と合算せずに税額を計算する方式。総合課税と違い、他の所得がいくらあっても税率が変わらない
• 🔴 株式等の譲渡所得は申告分離課税で20.315%（所得税15%＋復興特別所得税0.315%＋住民税5%）
• 総合課税の最高税率（約55.9%）と比べると35ポイント以上の差。9,200万円の所得で約3,274万円違う
• 取得費が不明なら譲渡価額の5%を使えるが、実際の取得費のほうが大きいなら資料を探す
• 株式譲渡と事業譲渡は課税される主体が違う。事業譲渡は法人課税＋個人が受け取る段階で再度課税
• 🔴 税率だけで方式を決めない。許認可・簿外債務・消費税の扱いで結論が変わる
• 非上場株式の譲渡損失は上場株式等と通算できない。損失が出た年こそ申告する

参考

• 国税庁「No.1463 株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）」
• 国税庁「No.2260 所得税の税率」
• 国税庁「No.1420 退職金を受け取ったとき（退職所得）」
• 国税庁「No.1474 上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除」