医療法人のM&A（売却・承継）は、一般の会社の売買とはルールが根本的に異なる。この記事では、医療法人のM&Aで使える手法の選び方、都道府県への届出・認可の流れ、対価の考え方、そして見落としやすい落とし穴を、「持分あり／持分なし医療法人」の違いを軸に、売り手の医師・医療法人オーナー向けに整理する。

クリニックのM&Aが「普通の会社」と全く違う理由

「会社を売る」という行為は、株式会社なら株式を譲渡するだけで実質的に所有権が移転する。しかし、クリニックの大半が採用する「医療法人」は、株式会社とは根本的に異なる法的構造を持つ。

医療法人は「営利を目的としない法人」とされ、医療法で剰余金の配当が禁止されている（医療法第54条）。株式会社のように自由に売買できる「株式」という概念もない。さらに、理事長は原則として医師または歯科医師の理事から選ぶ必要がある（同法第46条の6。例外は都道府県知事の認可）。医療法人の売却・承継には、こうした医療法特有の制度理解と都道府県知事への手続きが必要だ。

これを知らずに交渉に入ると、手続きで躓いて交渉が長期化し、価格の変動や破談につながることがある。

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まず知るべき「持分あり医療法人」と「持分なし医療法人」の違い

医療法人には、持分の有無で大きく2種類がある。この区別が、M&Aの方法・税負担・手続きを大きく変える。厚生労働省の集計では、令和7年3月31日現在の医療法人59,419法人のうち、持分あり医療法人が35,766法人、持分なし医療法人が23,653法人（うち基金拠出型医療法人19,485法人）となっている。

持分あり医療法人（経過措置医療法人）

平成19年（2007年）3月31日以前に設立された社団医療法人の多くが該当する。第五次医療法改正で新規設立はできなくなったが、既存の法人は経過措置で存続している。出資者（院長や家族）が出資比率に応じた「持分」を持つ構造だ。

持分の特徴:

• 退社時に出資比率に応じた払い戻しを請求できる（定款の定めによる）
• 出資者が死亡した場合、持分は相続財産になる
• 持分を譲渡することで、事実上の「法人売却」が可能

持分あり医療法人のM&Aは、持分の譲渡を通じて実施するのが一般的だ。譲渡する持分の価値が実質的な売却価格のベースになる。

持分なし医療法人

平成19年4月1日以降に社団医療法人を新規設立する場合は、持分なし医療法人しか認められない。出資者に払戻請求権がなく、法人の財産は法人に帰属する。

M&Aにおける実務上のスキーム（社員交代と退職金）:

持分なし法人には「持分（株式）を売却して利益を得る」という概念がない。しかし実務上は、最高意思決定機関である「社員総会の社員」および「理事」の座を買い手側へ譲る（社員の交代）ことで、法人の経営権を移転する手法が広く用いられている。

この場合、売り手側の理事長は持分の売却益を得られない代わりに、長年の法人への貢献に対する「役員退職金」を法人から受け取ることで、実質的なM&Aの対価を得る形になる。また、定款に基金の定めがある法人（基金拠出型医療法人）であれば、拠出した基金の返還請求権の扱いも対価の論点になる。

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医療法人のM&Aで使える手法 — 判定表と比較表

医療法人の売却・承継の手法は、主に「出資持分譲渡＋社員・理事の入れ替え」「合併」「事業譲渡」の3つだ。医療法上の分割もあるが対象が限られる。まず自院の類型で使える手法を確認する。

法人類型ごとに使える手法（判定表）

法人類型	持分譲渡＋社員交代	合併	事業譲渡	分割
持分あり社団（経過措置医療法人）	使える（持分の譲渡が対価の中心）	使える	使える	使えない（医療法施行規則第35条の6）
持分なし社団（基金拠出型を含む）	社員交代は使える（持分の売却益はなく、退職金・基金が論点）	使える	使える	使える
社会医療法人・特定医療法人	社員交代は可能だが、認定・承認の要件の維持が前提	使える	使える	使えない（同条）

合併後の類型にも決まりがある。厚生労働省の通知によると、持分あり社団同士の吸収合併で存続する法人は持分ありのまま残れるが、新設合併や、いずれかが持分なし法人の合併では、合併後は持分なし法人となる。

3つの手法の比較表

比較項目	出資持分譲渡＋社員・理事の入れ替え	合併	事業譲渡
何が移るか	法人そのものの経営権（法人格は同じ）	消滅法人の権利義務の全部を存続法人等が包括承継	診療所の設備・契約・職員などを個別に移転
病院・診療所の開設許可	開設者（医療法人）は変わらない	包括承継される（変更届等は必要）	譲渡元は廃止届、譲渡先は改めて開設の許可・届出
保険医療機関の指定	開設者が変わらないため、原則として新たな指定は不要（代表者・管理者の変更届など）	扱いを地方厚生（支）局へ事前に確認する	譲渡先が新たに指定を受ける（遡及指定の要件あり）
主な行政手続き	役員変更届、理事長変更の登記と届出	総社員の同意、都道府県知事の認可、債権者保護手続き	定款変更認可（法人の場合）、開設許可、保険医療機関の指定申請

一番の判断軸は、保険医療機関の指定が動くかどうかだ。持分譲渡＋社員交代は開設者が変わらず診療を続けやすい一方、過去の債務や保険請求のリスクも法人ごと買い手に移るため、デューデリジェンスと表明保証が重くなる。

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医療法人M&Aの手続きフロー

持分あり医療法人の譲渡の場合

ステップ	内容	必要期間の目安
1. 院長・出資者間の合意	持分譲渡の方針・価格・タイミングの合意	〜1か月
2. 医療法人の決算・財務確認	デューデリジェンス（財務・法務・診療実態の調査）	1〜2か月
3. 持分譲渡契約の締結	売買価格・支払い条件・表明保証事項の確定	〜1か月
4. 社員総会・理事会での入れ替え	社員の入社・退社の承認、理事・理事長の選任。役員変更は都道府県知事へ届出	都道府県の運用により異なる
5. 登記変更	理事長変更の登記（変更から2週間以内）と、登記後の届出	〜2週間
6. 各種変更届	診療所の管理者が変わる場合の保健所・地方厚生（支）局への変更届等	〜1か月

注意が必要なのはステップ4だ。社員の入退社は行政への届出事項ではなく、社員総会で承認して社員名簿を整える。理事・理事長の変更は都道府県知事への届出が必要だ。定款の変更を伴う場合は知事の認可が必要になり、その間は「合意したが移転が完了していない」宙ぶらりんの状態になる。

合併の場合

社団医療法人の合併には、総社員の同意と都道府県知事の認可が必要で、知事は認可にあたって都道府県医療審議会の意見を聴く。認可後は、2週間以内に財産目録と貸借対照表を作成し、債権者に対して2か月以上の期間を定めて異議の申出を公告・催告する手続きが続く。医療審議会の開催時期に左右されるため、日程は都道府県に早めに確認したい。

事業譲渡（持分なし法人・診療所単体売却の場合）

診療所の「建物・設備・スタッフ・患者・診療科目」を別の医療法人または個人に譲渡する方法だ。法人の所有権移転ではなく、診療所という「事業」を売る形になる。

必要な手続き:

• 譲渡元：診療所の廃止届（廃止から10日以内）
• 譲渡先が医療法人の場合：定款変更の認可（開設する診療所の名称・開設場所は定款の記載事項）と、診療所開設の許可
• 譲渡先が個人の医師の場合：開設後10日以内の開設届
• 譲渡先：地方厚生（支）局への保険医療機関の指定申請
• 個々の医療機器・動産類の所有権移転、賃貸借契約・リース契約の名義変更

事業譲渡の場合、新たな開設者は保険医療機関の指定を受け直す必要がある。通常の指定日は申請の翌月以降の1日付となるため、そのままでは保険診療ができない空白期間が生じうる。

これを避けるのが「遡及指定（そきゅうしてい）」だ。令和8年9月1日から、厚生労働省の通知（保医発0605第2号）に基づく新しい取扱いに変わった。第三者への事業譲渡のような開設者の変更は、原則として希望日の3か月前までに地方厚生（支）局へ予定届出書を出し、事前相談を受ける。判断では、診療録の引継ぎ、診療中の患者の診療継続、主な標榜診療科の継続、常勤医師の概ね5割以上の継続雇用などが確認され、認められれば旧医療機関の廃止日の原則同日または翌日付で指定を受けられる。医師の引き留めと行政への事前相談が、事業譲渡スキーム成功の鍵を握る。

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行政手続きは「届出」と「認可」を分けて考える

スケジュールが延びる典型は、「届出で済むと思っていた手続きが認可だった」という読み違いだ。

手続き	区分	根拠	ポイント
社員の入社・退社	行政手続きなし	定款	社員総会の承認と社員名簿の整理が必要
理事・監事の変更	届出	医療法施行令第5条の13	就任承諾書・履歴書を添付
理事長の変更	登記＋届出	組合等登記令第3条、医療法施行令第5条の12	変更から2週間以内に登記
医師・歯科医師以外の理事長選出	認可	医療法第46条の6	買い手側の人選に直結
定款の変更	認可（事務所所在地・公告方法は届出）	医療法第54条の9、医療法施行規則第33条の26	診療所の追加・廃止、名称変更などが該当
合併	認可	医療法第58条の2	医療審議会の意見聴取、債権者保護手続き

事業譲渡で唯一の診療所を手放すと、法人に開設施設が残らない。新たな施設を開設するか解散（医療法第55条）を検討するかを、設計段階で決めておきたい。

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対価の考え方 — 持分の評価と役員退職金

「いくらで売れるか」と同じくらい「どの形で受け取るか」が手取りを左右する。

受け取り方	主な課税関係	確認したい論点
出資持分の譲渡（持分あり）	株式等の譲渡所得として申告分離課税（租税特別措置法第37条の10。所得税15%のほか住民税等）	譲渡価格が時価と比べて著しく低くないか
退社による持分の払戻し（持分あり）	払戻額のうち出資に対応する資本金等の額を超える部分は、配当とみなされる（所得税法第25条）	法人の資金繰りへの影響
役員退職金（持分あり・なし共通）	退職所得。退職所得控除後の2分の1が課税対象（役員等勤続年数5年以下は2分の1の適用なし）	法人側で不相当に高額な部分は損金不算入（法人税法第34条）
基金の返還（基金拠出型）	拠出額の返還で、利息は付けられない	返還は定時社員総会の決議が必要で、純資産が基金総額等を超える範囲に限られる（医療法施行規則第30条の38）

持分の税務上の評価は、財産評価基本通達194-2により取引相場のない株式に準じて行う。国税庁の質疑応答事例では、類似業種比準方式の業種目は「その他の産業」、規模区分は「小売・サービス業」とされる。ただし、評価額と交渉価格は一致しないことが多い。

実務では、持分の譲渡対価と役員退職金を組み合わせることが多い。退職金を支払うと純資産が減り持分の評価も下がるため、両者は連動する。退職金の額は、従事期間や退職の事情、同業種・同規模法人の支給状況に照らして相当な範囲で決める必要があり、配分は税理士と試算してから契約条件に落とし込みたい。

持分なし医療法人へ移行する際の税負担を軽くする「認定医療法人制度」は、令和11年12月31日までに移行計画の認定を受ける必要がある。売却前に移行するかも比較の対象になる。

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医療法人M&Aで特有の「落とし穴」4つ

落とし穴1: 純資産と「持分の価値」は一致しない場合がある

持分価値は純資産×持分比率が交渉の出発点になりやすいが、税法上の評価（類似業種比準価額・純資産価額）と交渉価格は異なることがある。

特に注意が必要なのは、時価より著しく低い価格での譲渡だ。個人が著しく低い価額で財産を譲り受けると、時価との差額は贈与により取得したものとみなされる（相続税法第7条）。法人に対して著しく低い価額で譲渡した場合は、売り手に時価で譲渡したものとみなす課税が生じうる（所得税法第59条）。税理士・弁護士を関与させた価格設定が必須だ。

落とし穴2: 未払い社会保険料・未解決のレセプト返戻

M&Aのデューデリジェンスで見落とされやすいのが、「未払いの社会保険料」と「保険請求の過去のトラブル履歴」だ。

買い手がM&A後にこれを発見すると、追加費用の請求や契約解除の問題に発展する。表明保証条項（売り手が法人の状態について保証する条項）に「保険請求・社会保険に関する未解決事項がないこと」を明記することが重要だ。

落とし穴3: 院長個人の賃借契約・保証が法人に混在している

個人開業から医療法人化した場合、診療所の建物・駐車場の賃借契約が「院長個人名義」のままになっているケースがある。院長が交代するとこれらの契約が引き継がれず、新院長が改めて契約を締結し直す必要が生じる。

M&A前に「医療法人名義に切り替えていない契約」を棚卸しし、契約名義の移行をM&Aのスケジュールに組み込むことが必要だ。

落とし穴4: 医師の引き留め問題

院長交代に伴い、勤務医が退職するリスクがある。クリニックの診療収益は在籍医師数に直結するため、主要な勤務医が抜けると買い手の想定収益が大幅に変わる。事業譲渡の遡及指定でも常勤医師の継続雇用が判断基準になる。

M&A契約に「クロージング後○か月間、在籍勤務医の継続雇用を確保するための努力義務条項」や「キーマン特約」を入れることが、買い手側のリスクヘッジになる。

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「売り時」を逃さないために知っておくべきこと

医療法人のM&Aは手続き上、成立まで最短でも3〜6か月かかる。以下の状況になってから動き始めると間に合わない場合がある。

• 院長が病気・高齢で意思決定能力に不安が生じた後
• 主要勤務医が退職した後（診療収益が落ちて売却評価が下がる）
• 多額の設備投資をした後（負債が増え純資産が下がる）

M&Aの検討は、経営が安定している状態で始めることが最も有利だ。

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売り手の院長が事前に確認するチェックリスト

交渉前に次の項目を確認しておくと、デューデリジェンスでの手戻りを減らせる。

確認項目	見る書類	確認のポイント
法人類型	定款	持分の払戻し・残余財産分配の規定があるか、出資額限度法人か、基金の定めがあるか
社員と出資者	社員名簿、出資者名簿	名目的な社員がいないか、持分割合と入退社の記録が残っているか
役員と登記	登記事項証明書	任期切れの役員がいないか、理事長の登記が最新か
開設する施設	定款、開設許可書、保険医療機関の指定通知書	定款の記載と実際の診療所の名称・所在地が一致しているか
契約の名義	建物賃貸借契約、リース契約、借入契約	院長個人名義・個人保証のものがないか
労務・社会保険	雇用契約、就業規則、社会保険の納付記録	未払い残業代や保険料の滞納がないか
医師・管理者の継続意向	勤務医との面談記録	譲渡後も勤務を続ける医師がどれだけいるか
退職金の根拠	役員退職金規程、社員総会議事録	支給額の算定根拠を説明できるか

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よくある質問

持分なし医療法人でも売却はできますか？

持分の売却益という形はとれないが、社員・理事を買い手側に入れ替えて経営権を移す方法や、事業譲渡、合併によって承継することはできる。売り手の対価は、役員退職金や基金の返還など、持分以外の形で設計することになる。

株式会社が医療法人を買うことはできますか？

医療法人は非営利が前提で、理事長は原則として医師または歯科医師から選ぶ。厚生労働省の医療法人運営管理指導要綱でも、関係する特定の営利法人の役員が理事長や役員に就くことは、非営利性の観点から適当でないとされている。買い手の体制は都道府県と早めに相談したい。

事業譲渡で保険診療を途切れさせない方法はありますか？

遡及指定が認められれば、旧医療機関の廃止日の原則同日または翌日付で指定を受けられる。第三者への譲渡では、原則として希望日の3か月前までに地方厚生（支）局へ予定届出書を出す必要がある。

まとめ

医療法人のM&Aは、持分あり/なし医療法人によって、使える手法・税務の考え方・かかる期間が全く異なる。持分譲渡＋社員交代は開設者が変わらず診療を続けやすい一方、事業譲渡は保険医療機関の指定を受け直す手続きが必要になる。

「会社を売るのと同じようにできる」という認識で進めると、都道府県知事への届出・認可、保険医療機関の指定、対価の受け取り方、表明保証の設計で問題が発生する。専門家（医療M&A専門の仲介会社・税理士・弁護士）を早期から関与させることが、スムーズな承継の前提条件だ。

参考

• e-Gov法令検索「医療法」
• e-Gov法令検索「医療法施行令」
• e-Gov法令検索「医療法施行規則」
• 厚生労働省「医療法人の各類型について」（令和7年3月31日現在）
• 厚生労働省「医療法人の合併及び分割について」（平成28年3月25日 医政発0325第5号）
• 厚生労働省「医療法人運営管理指導要綱」
• 厚生労働省「持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請について（認定医療法人制度）」
• 厚生労働省保険局医療課長通知「保険医療機関等の遡及指定及び機能移転の取扱いについて」（令和8年6月5日 保医発0605第2号）
• 国税庁「医療法人の出資を類似業種比準方式により評価する場合の業種目の判定等」
• 国税庁 タックスアンサー No.1420 退職金を受け取ったとき（退職所得）
• 国税庁 タックスアンサー No.5208 役員の退職金の損金算入時期